Program Magister Pascasarjana IAIN Madura merupakan program studi yang bernaung di IAIN Madura berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 2346 Tahun 2012 tentang Izin Penyelenggaraan Program Magister  di Lingkungan Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri.

Eksistensi Program Studi Magister Manajemen Pendidikan Islam secara yuridis ditandai dengan terbitnya SK Nomor  tertanggal  yang ditandatangani oleh pejabat kementerian agama bapak Prof. Dr. Kamaruddi Amin, M.Fil, saat itu beliau selaku Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia. Untuk lebih menguatkan legal standing Prodi Manajemen Pendidikan Islam juga melakukan upaya untuk memperoleh peringkat akreditasi minimal ke LAMDIK. akhirnya terbitlah SK Lembaga Akreditasi Mandiri Kependidikan Nomor: 827/SK/LAMDIK/Ak-PSB/M/IX/2023. Dengan SK tersebut berarti  Prodi Manajemen Pendidikan Islam berstatus terakreditasi minimal "BAIK".

Prodi Magister Manajemen Pendidikan Islam senantiasa berupaya mengembangkan diri untuk mencapai visi dan misi sebagai prodi yang kompetetif dengan berbagai strategi.